BASEのPAY IDアプリ経由注文、Webショップより手数料はいくら高い？

料金・資料確認：2026年10月8日

「PAY IDアプリに商品を載せたら、Webショップの注文にも追加手数料がかかる？」と心配なBASEショップ運営者へ。手数料は注文が成立した販売経路ごとに決まり、同じ注文にWeb側とアプリ側の料率を重ねて請求しません。アプリ経由はプランにかかわらず決済手数料3.6%＋40円とサービス利用料5.9%。Web経由は契約プランと決済方法で変わります。

この記事はBASE株式会社から独立して編集した資料です。実際のショップでの運用結果や管理画面の操作体験を示すものではありません。金額例は条件を固定した説明用の計算です。この記事に広告・アフィリエイトリンクはありません。

一つのショップからWebブラウザとスマートフォンアプリへ注文経路が分かれ、それぞれ別の手数料へ進む概念図 — 同じショップでも、WebブラウザとPAY IDアプリの注文は別の経路として考えます。図は概念イラストで、BASEの画面ではありません。

まず、どの経路の注文かを分ける

BASEのPAY IDアプリ手数料ヘルプは、アプリ経由注文にはショップのスタンダード・グロースと異なる手数料を適用すると明記しています。Webショップ経由ならプランの手数料です。PAY IDアプリへの商品掲載費は0円で、下表の手数料は商品が売れた場合に発生します。

表は横にスクロールできます。

2026年10月8日に確認したBASE公式の料率。いずれも1注文ごと、送料を含む手数料算出対象額を基準とする
販売経路・プラン	決済手数料	サービス利用料	別に確認する費用
PAY IDアプリ経由（契約プラン共通）	3.6%＋40円	5.9%	アプリ商品掲載費0円。グロース契約中の月額料金は別
Webショップ経由スタンダード	通常の決済方法：3.6%＋40円	3%	月額0円
Webショップ経由グロース	通常の決済方法：2.9%	0円	月額料金あり

Web側には決済方法による料率の違いもあります。とくにグロースプランのPayPayは、BASE公式のプラン総論が「3.9%」、PayPay個別ヘルプが「3.9%＋40円」と記載しており、2026年10月8日の確認時点で一致しません。個別ヘルプは、PAY IDアプリではPayPayを利用できないとも説明しています。PayPayでは管理画面で適用プランと決済方法を確認し、発送済みの個別注文なら後述の売上CSVで実際の手数料を照合してください。今後の費用が不明な場合はBASEへ確認してください。下の計算例はWebとアプリの双方で使えるクレジットカード決済に条件を固定しています。

5,000円の注文なら、差はいくら？

商品4,500円＋送料500円で手数料算出対象額が5,000円の注文を想定します。決済はクレジットカード、クーポン・追加機能費用・キャンセルはなし。実在する注文や実際の振込金額を示す表ではありません。

表は横にスクロールできます。

同じ5,000円を各販売経路で計算した説明用の例。グロースの月額料金は含めない
販売経路	決済手数料	サービス利用料	両手数料を引いた額
PAY IDアプリ	220円	295円	4,485円
Web・スタンダード	220円	150円	4,630円
Web・グロース	145円	0円	4,855円

アプリの計算は5,000円×3.6%＋40円＝220円、5,000円×5.9%＝295円。スタンダードWebは決済手数料が同額で、サービス利用料が5,000円×3%＝150円です。この条件ならアプリ経由の控除額はスタンダードWebより145円多い計算です。グロースWebとの比較では370円の差ですが、グロースの月額料金を含む採算比較にはなりません。実際の決済手数料はBASE公式の説明に従い、小数点以下を四捨五入します。

「この注文はアプリ経由？」を実データで確認する

購入者がPAY IDアカウントにログインしたかだけでは、販売経路は判断できません。BASEの購入方法の公式ヘルプには、WebブラウザからPAY IDでログインして買う方法と、PAY IDアプリから買う方法が別々に掲載されています。

経路ごとの件数を見る：管理画面の「データ」では、WebとPAY IDアプリの注文数や売上金額を分けて確認できます。ただし集計値なので、そのまま個別注文の手数料額とは扱いません。「データ」の数値の数え方も確認します。
注文ごとの実額を見る：「売上データダウンロード App」の「売上」CSVでは、PAY IDアプリ注文の備考欄に「※Pay IDアプリからの注文です」と記載されます。同じ行の「BASEかんたん決済手数料」「サービス利用料」「手数料算出対象合計」を照らし合わせます。アプリ側の二つの手数料も、それぞれ同名の列に入ります。CSVの公式項目一覧が根拠です。
期間をそろえる：この「売上」CSVは対象期間中に発送済みとなった売上を出力し、抽出期間は抽出日の前日までです。受注直後の注文が見つからないときに「Web注文だった」と決めつけず、発送日と抽出期間を確認します。

BASE負担クーポンがある注文では、売上CSVの「手数料算出対象合計」は「購入者支払金額合計」にBASE負担クーポンを加えた額と説明されています。個別の注文は、例の5,000円を当てはめず、その列と確定した手数料を確認してください。CSVの目的別の使い分けは、別記事BASEの注文CSVと売上CSV、どちらを使う？で整理しています。

掲載を続けるかを考えるときの3点

グロースに切り替えれば、アプリ注文も2.9%になる？: なりません。アプリ経由にはプランと異なる手数料が適用されます。グロースの月額料金と、Web・アプリそれぞれの注文比率を分けて見積もります。
同じ注文にWebとアプリの両方が請求される？: BASE公式は販売経路ごとに手数料が適用され、二重請求はないと説明しています。購入者がWebでPAY IDにログインした事実だけを、アプリ経由の根拠にしないでください。
アプリへの掲載を止めれば、その瞬間からアプリ手数料はゼロ？: 公式ヘルプでは、掲載停止前に購入者がアプリでカート投入・注文情報入力画面へのアクセスを済ませ、アプリを終了せずに注文を完了した場合、停止後もアプリ経由手数料がかかる可能性を示しています。2026年10月8日に確認した説明では、カート保持期間に伴い停止後も最大31日間はその可能性があり、保持期間自体は変更され得ます。停止後の注文は実際の経路とCSVで確認します。

料金差だけで集客効果や利益増減は決められません。まず自店のWeb・アプリ別注文比率、実際の手数料、商品原価と送料負担を同じ期間で並べ、掲載判断に使ってください。プランの料率が適用されるタイミングは、通常の注文では注文完了時とBASEが説明しています。料金自体も変更され得るため、販路やプランを変える前に最新の公式ヘルプと管理画面を再確認してください。

確認した公式資料

資料確認日：2026年10月8日。料金・仕様は変更される可能性があります。最新の条件は各公式資料で確認してください。